Các biến 
Các phân tử có thể được mô hình hoá hoặc trong chân không, hoặc trong sự có mặt của một dung môi như nước. Mô phỏng các hệ thống trong chân không được gọi là mô phỏng pha khí, trong khi những mô hình bao gồm sự có mặt của các phân tử dung môi được gọi là các mô phỏng dung môi rõ ràng. Trong một kiểu mô phỏng khác, hiệu quả của dung môi được ước tính sử dụng một biểu thức toán học thực nghiệm; đây là những mô phỏng solved tiềm ẩn.

Phóng toạ độ 
Hầu hết các trường lực là khoảng cách phụ thuộc, làm cho biểu thức thuận tiện nhất cho các tọa độ Cartesian. Tuy nhiên, bản chất tương đối cứng nhắc của các liên kết xảy ra giữa các nguyên tử cụ thể, và về bản chất, định nghĩa phân tử chỉ định, làm cho một hệ thống tọa độ nội bộ là đại diện hợp lý nhất. Trong một số lĩnh vực, biểu diễn IC (độ dài của mối nối, góc giữa các liên kết, và góc xoắn của mối quan hệ như thể hiện trong hình) được gọi là ma trận Z hoặc mô hình góc xoắn. Thật không may, các chuyển động liên tục trong không gian Cartesian thường đòi hỏi các góc cạnh không liên tục trong các tọa độ bên trong, làm cho nó tương đối khó để làm việc với các trường lực trong biểu diễn đại số nội bộ và ngược lại một sự dịch chuyển đơn giản của một nguyên tử trong không gian Cartesian có thể không phải là quỹ đạo đường thẳng với các điều cấm của các trái phiếu liên kết với nhau. Vì vậy, rất phổ biến đối với các chương trình tối ưu hoá tính toán để lật qua lại giữa các biểu diễn trong quá trình lặp lại của chúng. Điều này có thể chiếm ưu thế trong thời gian tính toán của tiềm năng và trong các phân tử chuỗi dài giới thiệu số không chính xác tích lũy. Trong khi tất cả các thuật toán chuyển đổi tạo ra các kết quả toán học giống hệt nhau, chúng khác nhau về tốc độ và độ chính xác về số. Hiện tại, sự xoắn nhanh nhất và chính xác nhất trong chuyển đổi Cartesian là phương pháp NERF (Natural Extension Reference Frame). 

Các ứng dụng 
Các phương pháp mô hình phân tử hiện đang được sử dụng thường xuyên để khảo sát cấu trúc, động lực, tính chất bề mặt, và nhiệt động lực học của các hệ thống vô cơ, sinh học và polyme. Các loại hoạt động sinh học đã được điều tra bằng cách sử dụng mô hình phân tử bao gồm gấp lại protein, xúc tác enzym, sự ổn định protein, các thay đổi về cấu hình liên quan đến chức năng phân tử, và sự nhận diện phân tử của các protein, DNA và các phức màng.
Google Dịch dành cho doanh nghiệp:Bộ công cụ DịchTrình biên dịch Trang web

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here