Sự khác biệt gel electrophoresis (DIGE) là một dạng điện di gel, có thể lên đến ba mẫu protein khác nhau có thể được dán nhãn với các thuốc nhuộm huỳnh quang có thể thích hợp được kết hợp với kích cỡ, phù hợp với dung dịch (ví dụ Cy3, Cy5, Cy2) trước khi điện di hai chiều. Sau đó, ba mẫu được trộn lẫn và nạp vào IEF (Phương pháp sắc ký tập trung Isolectric) cho kích thước đầu tiên và dải được chuyển sang SDS PAGE. Sau khi điện di gel, gel được quét với bước sóng kích thích của mỗi thuốc nhuộm một trong khác, vì vậy chúng tôi có thể xem từng mẫu riêng biệt (nếu chúng tôi quét gel ở bước sóng kích thích của thuốc nhuộm Cy3, chúng ta sẽ thấy trong gel chỉ là mẫu được dán nhãn với chất nhuộm đó).
Kỹ thuật này được sử dụng để thấy sự thay đổi trong sự phong phú của protein (ví dụ giữa một mẫu người khỏe mạnh và một mẫu bệnh nhân), các sửa đổi sau khi dịch, cắt ngắn và bất kỳ sửa đổi nào có thể thay đổi kích thước hoặc điểm đẳng điện của protein . Các thay đổi nhị phân có thể được trái sang phải (thay đổi điểm đẳng điện), dọc (thay đổi kích thước) hoặc đường chéo (thay đổi trong cả hai kích thước và điểm đẳng điện). Ghi nhãn đối ứng được thực hiện để đảm bảo những thay đổi không phải do các tương tác phụ thuộc thuốc nhuộm.
Nó khắc phục những hạn chế trong phép điện di 2D truyền thống do sự biến đổi giữa các gel. Điều này có thể được đáng kể, ngay cả với các mẫu giống hệt nhau. Vì các protein từ các loại mẫu khác nhau (ví dụ: lành mạnh / bệnh, độc lực / không độc hại) được chạy trên cùng một gel chúng có thể được so sánh trực tiếp. Để làm điều này với điện di truyền thống 2D đòi hỏi một số lượng lớn thời gian lặp đi lặp lại.
Trong các thí nghiệm chứa nhiều gel, một kỹ thuật phổ biến là đưa ra một tiêu chuẩn nội tại mỗi gel. Tiêu chuẩn nội bộ được chuẩn bị bằng cách trộn lẫn một vài hoặc tất cả các mẫu trong thí nghiệm. Điều này cho phép đo sự phong phú của một protein trong mỗi mẫu liên quan đến tiêu chuẩn nội bộ. Do lượng protein của mỗi protein trong tiêu chuẩn nội tại được biết là giống nhau ở mỗi gel, phương pháp này sẽ làm giảm sự biến đổi giữa các gel.