Cơ sở dữ liệu
Các bài viết chính: Danh sách cơ sở dữ liệu sinh học và cơ sở dữ liệu sinh học
Cơ sở dữ liệu là rất cần thiết cho nghiên cứu sinh học và ứng dụng. Nhiều cơ sở dữ liệu tồn tại, bao gồm các loại thông tin khác nhau: ví dụ, chuỗi DNA và protein, cấu trúc phân tử, kiểu hình và đa dạng sinh học. Cơ sở dữ liệu có thể chứa dữ liệu thực nghiệm (thu được trực tiếp từ các thí nghiệm), dữ liệu dự đoán (lấy từ phân tích), hoặc, thông thường nhất, cả hai. Chúng có thể cụ thể đối với một sinh vật cụ thể, con đường hoặc phân tử quan tâm. Ngoài ra, họ có thể kết hợp dữ liệu được biên soạn từ nhiều cơ sở dữ liệu khác. Các cơ sở dữ liệu này khác nhau về định dạng, cơ chế truy cập và liệu chúng có công khai hay không.
Một số cơ sở dữ liệu được sử dụng phổ biến nhất được liệt kê dưới đây. Để biết danh sách đầy đủ hơn, vui lòng kiểm tra liên kết ở phần đầu tiểu mục.
- Được sử dụng trong phân tích chuỗi sinh học: Genbank, UniProt
- Được sử dụng để tìm gia đình Protein và Motif Tìm kiếm: InterPro, Pfam
- Được sử dụng cho trình tự thời gian tiếp theo: Trình tự Đọc lưu trữ
- Được sử dụng trong Phân tích Mạng: Các Cơ sở Dữ liệu Đường dẫn Chuyển hóa (KEGG, BioCyc), Cơ sở dữ liệu Phân tích Tương tác, Các Mạng Chức năng
- Được sử dụng trong thiết kế các mạch gen tổng hợp: GenoCAD
Phần mềm và công cụ
Các công cụ phần mềm cho tin sinh học bao gồm các công cụ dòng lệnh đơn giản, các chương trình đồ hoạ phức tạp hơn và các dịch vụ web độc lập có sẵn từ các công ty tin sinh học khác nhau hoặc các tổ chức công cộng.
Phần mềm tin sinh học mã nguồn mở
Nhiều công cụ phần mềm miễn phí và mã nguồn mở đã tồn tại và tiếp tục phát triển từ những năm 1980. Sự kết hợp của một nhu cầu tiếp tục cho các thuật toán mới để phân tích các loại readouts sinh học đang phát triển, tiềm năng là sáng tạo trong các thí nghiệm silic, và cung cấp miễn phí mở cơ sở mã đã giúp tạo cơ hội cho tất cả các nhóm nghiên cứu để đóng góp vào Cả tin sinh học và phạm vi của phần mềm nguồn mở có sẵn, bất kể sắp xếp tài trợ của họ. Các công cụ mã nguồn mở thường hoạt động như những vườn ươm ý tưởng, hoặc các plugin bổ sung do cộng đồng hỗ trợ trong các ứng dụng thương mại. Họ cũng có thể cung cấp các tiêu chuẩn trên thực tế và các mô hình đối tượng chia sẻ để hỗ trợ cho sự thách thức của việc tích hợp thông tin sinh học.
Phạm vi của các gói phần mềm mã nguồn mở bao gồm các chức danh như Bioconductor, BioPerl, biopython, BioJava, BioJS, bioruby, Bioclipse, Emboss, NET Bio, Orange với tin sinh học của nó add-on, Apache Taverna, UGENE và GenoCAD. Để duy trì truyền thống này và tạo cơ hội hơn nữa, phi lợi nhuận mở Bioinformatics Foundation đã ủng hộ Hội nghị thường niên Bioinformatics mã nguồn mở (BOSC) kể từ năm 2000.
Một phương pháp khác để xây dựng cơ sở dữ liệu tin sinh học công cộng là sử dụng công cụ MediaWiki với phần mở rộng WikiOpener. Hệ thống này cho phép các cơ sở dữ liệu được truy cập và cập nhật bởi tất cả các chuyên gia trong lĩnh vực này.
Các dịch vụ Web trong tin sinh học
SOAP- và giao diện dựa trên REST đã được phát triển cho một loạt các ứng dụng tin sinh học Cho phép một ứng dụng đang chạy trên một máy tính trong một phần của thế giới để sử dụng các thuật toán, dữ liệu và tài nguyên máy tính trên các máy chủ ở những nơi khác trên thế giới. Những ưu điểm chính xuất phát từ thực tế là người dùng cuối không phải đối phó với chi phí phần mềm và bảo trì cơ sở dữ liệu.
dịch vụ tin sinh học cơ bản được phân loại theo các EBI thành ba loại: SSS (Sequence Tìm kiếm dịch vụ), MSA (Nhiều Chuỗi Alignment), và BSA (Phân tích trình tự sinh học). Tính sẵn có của Những hướng dịch vụ tin sinh học nguồn Manda khả năng áp dụng các giải pháp tin sinh học dựa trên web, và dao động từ một bộ sưu tập các công cụ độc lập với dữ liệu định dạng phổ biến dưới một duy nhất, giao diện dựa trên web hoặc độc lập, để tích hợp, phân phối và tin sinh học mở rộng hệ thống quản lý công việc.