Phát hiện proteins
Kết quả của việc này là một gel với các protein lây lan trên bề mặt của nó. Các protein này sau đó có thể được phát hiện bằng nhiều phương tiện, nhưng các vết bẩn được sử dụng phổ biến nhất là bạc và nhuộm Coomassie Brilliant Blue. Trong trường hợp trước, một keo bạc được áp dụng cho gel. Bạc liên kết với các nhóm cysteine bên trong protein. Bạc được làm tối bằng cách tiếp xúc với ánh sáng cực tím. Lượng bạc có thể liên quan đến bóng tối, và do đó lượng protein tại một vị trí nhất định trên gel. Đo lường này chỉ có thể cho số tiền tương đối, nhưng là đủ cho hầu hết các mục đích. Bạc nhuộm là 100x nhạy cảm hơn Coomassie Brilliant Blue với một phạm vi 40 độ tuyến tính
Các phân tử khác với protein có thể được phân tách bằng điện di 2D. Trong các xét nghiệm supercoiling, ADN xoắn được tách ra ở kích thước đầu tiên và bị biến tính bởi một bộ đệm chéo ADN (như ethidium bromide hoặc chất chloroquine ít gây ung thư) trong lần thứ hai. Điều này có thể so sánh với sự kết hợp của PAGE / SDS-PAGE gốc trong sự tách protein.
Kỹ thuật chung
IPG-DALT
Một kỹ thuật phổ biến là sử dụng một gradient Immobilized pH (IPG) ở kích thước đầu tiên. Kỹ thuật này được gọi là IPG-DALT. Mẫu đầu tiên được tách ra thành gel IPG (có sẵn trên thị trường) sau đó gel được cắt thành từng miếng cho mỗi mẫu sau đó được cân bằng với SDS-mercaptoethanol và được áp dụng cho gel SDS-PAGE để phân giải ở kích thước thứ hai. Thông thường IPG-DALT không được sử dụng để định lượng các protein do sự mất mát các thành phần trọng lượng phân tử thấp trong quá trình chuyển sang gel SDS-PAGE.
IEF SDS-PAGE
Xem Isoelectric tập trung
Phần mềm phân tích gel 2D
Bài chi tiết: Phần mềm phân tích gel 2D
Biến dạng: Hình ảnh của hai gel điện di, phủ bởi Delta2D. Hình ảnh đầu tiên được tô màu cam, thứ hai được tô màu xanh lam. Do sự khác biệt chạy, các điểm tương ứng không chồng lên nhau.
Biến dạng: hình ảnh của hai gel điện di sau khi cong. Hình ảnh đầu tiên được tô màu cam, thứ hai được tô màu xanh lam. Các điểm tương ứng chồng lên nhau sau khi cong. Các điểm thông thường có màu đen, cam chỉ hiện diện (hoặc mạnh hơn) trên hình ảnh đầu tiên, các điểm màu xanh chỉ có mặt (hoặc mạnh hơn) trên hình ảnh thứ hai.
Trong proteomics định lượng, những công cụ này chủ yếu phân tích marker sinh học bằng cách định lượng các protein riêng lẻ, và cho thấy sự tách biệt giữa một hoặc nhiều điểm protein trên một bức ảnh được quét của một gel 2-DE. Ngoài ra, những công cụ này khớp với các điểm giữa các gel tương tự để hiển thị, ví dụ, sự khác biệt về proteom giữa giai đoạn sớm và giai đoạn tiến triển của bệnh. Các gói phần mềm bao gồm Delta2D, ImageMaster, Melanie, PDQuest, Progenesis và REDFIN. Mặc dù công nghệ này được sử dụng rộng rãi, trí thông minh chưa được hoàn thiện. Ví dụ, trong khi PDQuest và Progenesis có khuynh hướng đồng ý về việc định lượng và phân tích các đốm protein được phân tách tốt, chúng mang lại các kết quả và khuynh hướng phân tích khác nhau với các điểm ít được xác định ít hơn.
Những thách thức đối với phân tích dựa trên phần mềm tự động bao gồm những điểm không trùng nhau (chồng chéo nhau), các điểm yếu / tiếng ồn (ví dụ như “điểm ma”), sự khác biệt giữa gel (ví dụ protein di chuyển đến các vị trí khác nhau trên các điểm khác nhau, có thể được phát hiện một cách sai lầm như là một điểm duy nhất bởi phần mềm và / hoặc các phần của một điểm có thể được bị loại khỏi số lượng), và sự khác biệt trong thuật toán phần mềm và do đó xu hướng phân tích
Các danh sách chọn lọc đã được tạo ra có thể được sử dụng để tiêu hóa các đốm protein tự động trong gel và nhận diện các protein sau đó bằng quang phổ khối.
Để có một cái nhìn tổng quan về cách tiếp cận hiện tại cho phân tích phần mềm của các hình ảnh gel 2DE xem hoặc.