Danh mục
IUPAC có một lịch sử lâu dài về chính thức đặt tên các hợp chất hữu cơ và vô cơ. Danh pháp IUPAC được phát triển để cho bất kỳ hợp chất nào có thể được đặt tên theo một bộ quy tắc chuẩn để tránh trùng lặp tên. Xuất bản lần đầu tiên, là thông tin từ Đại hội Quốc tế về Hoá học Ứng dụng, về danh pháp IUPAC của các hợp chất hữu cơ, có thể tìm thấy từ đầu thế kỷ 20 trong Hướng dẫn về Danh mục IUPAC của Hợp chất hữu cơ (1900).
Danh pháp hữu cơ
Danh pháp hữu cơ IUPAC có ba phần cơ bản: các nhóm thay thế, chiều dài chuỗi cacbon và kết thúc hóa học. Các nhóm thế là bất kỳ nhóm chức năng gắn liền với chuỗi carbon chính. Chuỗi carbon chính là chuỗi dài nhất có thể liên tục. Kết thúc hóa học biểu thị loại phân tử nào nó có. Ví dụ, ane kết thúc biểu thị một chuỗi carbon có liên kết, như trong “hexane” (C6 giờ14).
Một ví dụ về danh pháp hữu cơ IUPAC là cyclohexanol:
Tên thay thế cho một hợp chất vòng là cyclo.
Chỉ dẫn (tên thay thế) là một chuỗi sáu carbon là hex.
Kết thúc hóa học cho một chuỗi carbon có liên kết đơn là ane
Hóa học kết thúc cho rượu là ol
Hai kết thúc hóa học được kết hợp cho một kết thúc của anol cho thấy một chuỗi cacbon đơn liên kết với một rượu gắn liền với nó.
Danh pháp vô cơ
Cụm từ cơ bản IUPAC có hai phần chính: cation và anion. Cation là tên của ion tích điện dương và anion là tên của ion tích điện âm.
Một ví dụ của danh pháp IUPAC của hóa học vô cơ là clorua kali (KClO3):
“Potassium” là tên của cation.
“Chlorate” là tên anion.
Amino axit và các mã cơ sở nucleotide
IUPAC cũng có một hệ thống cho mã để xác định các axit amin và các bazơ nucleotide. IUPAC cần một hệ thống mã hóa đại diện cho chuỗi dài các axit amin. Điều này sẽ cho phép các trình tự này được so sánh với cố gắng để tìm homologies. Các mã này có thể là một chữ cái hoặc ba chữ cái mã.
Các mã này làm cho nó dễ dàng và ngắn hơn để viết các chuỗi axit amin tạo nên các protein. Các bazơ nucleotide được tạo thành từ purine (adenine và guanine) và pyrimidines (cytosine và thymine hoặc uracil). Các bazơ nucleotide tạo thành DNA và RNA. Những mã căn cứ nucleotide làm cho bộ gen của một cơ thể nhỏ hơn và dễ đọc hơn.
| Nucleic acid code | Meaning | Mnemonic |
|---|---|---|
| A | A | Adenine |
| C | C | Cytosine |
| G | G | Guanine |
| T | T | Thymine |
| U | U | Uracil |
| R | A or G | Purine |
| Y | C, T or U | Pyrimidines |
| K | G, T or U | Bases which are ketones |
| M | A or C | Bases with amino groups |
| S | C or G | Strong interaction |
| W | A, T or U | Weak interaction |
| B | Not A (i.e. C, G, T or U) | B comes after A |
| D | Not C (i.e. A, G, T or U) | D comes after C |
| H | Not G (i.e., A, C, T or U) | H comes after G |
| V | Neither T nor U (i.e. A, C or G) | V comes after U |
| N | A C G T U | Nucleic acid |
| X | Masked | |
| – | Gap of indeterminate length |
The codes for amino acids (24 amino acids and three special codes) are:
| Amino acid code | Meaning |
|---|---|
| A | Alanine |
| B | Aspartic acid or asparagine |
| C | Cysteine |
| D | Aspartic acid |
| E | Glutamic acid |
| F | Phenylalanine |
| G | Glycine |
| H | Histidine |
| I | Isoleucine |
| J | Leucine or isoleucine |
| K | Lysine |
| L | Leucine |
| M | Methionine |
| N | Asparagine |
| O | Pyrrolysine |
| P | Proline |
| Q | Glutamine |
| R | Arginine |
| S | Serine |
| T | Threonine |
| U | Selenocysteine |
| V | Valine |
| W | Tryptophan |
| Y | Tyrosine |
| Z | Glutamic acid or glutamine |
| X | Any |
| * | Translation stop |
| – | Gap of indeterminate length |