Một bộ trao đổi ion “mạnh” sẽ không bị mất phí trên ma trận của nó khi cột được cân bằng và có thể sử dụng nhiều bộ đệm pH. Các bộ trao đổi ion “yếu” có một loạt các giá trị pH, trong đó chúng sẽ duy trì điện tích. Nếu độ pH của bộ đệm được sử dụng cho cột trao đổi ion yếu nằm ngoài phạm vi công suất của ma trận, cột sẽ mất phân bố điện tích và phân tử quan tâm có thể bị mất. Mặc dù phạm vi pH nhỏ hơn của các bộ trao đổi ion yếu, chúng thường được sử dụng trên các bộ trao đổi ion mạnh do chúng có độ đặc hiệu lớn hơn. Trong một số thí nghiệm, thời gian lưu giữ của các bộ trao đổi ion yếu chỉ đủ dài để có được dữ liệu mong muốn ở độ đặc hiệu cao .
Resins (thường được gọi là ‘hạt’) của các cột trao đổi ion có thể bao gồm các nhóm chức năng như axit yếu / mạnh và các baz yếu / mạnh. Ngoài ra còn có các cột đặc biệt có nhựa với các nhóm chức năng amphoteric có thể trao đổi cation và anions. Một số ví dụ về các nhóm chức năng của nhựa trao đổi ion mạnh là amoni bậc bốn (Q), một chất trao đổi anion, và axit sulfonic (S), một chất trao đổi cation. Những loại bộ trao đổi này có thể duy trì mật độ điện tích ở khoảng pH từ 0-14. Các ví dụ về các nhóm chức năng của Nhựa trao đổi ion yếu là diethylaminoethyl (DEAE), là một chất trao đổi anion, và carboxymethyl (CM), một chất trao đổi cation. Hai loại bộ trao đổi này có thể duy trì mật độ điện tích của các cột trong khoảng 5-9.
Trong sắc ký ion, sự tương tác của các ion hòa tan và pha tĩnh trên cơ sở các điện tích của chúng, sẽ liên kết với mức độ nào. Khi giai đoạn cố định có các nhóm tích cực thu hút anion, nó được gọi là anion exchanger; Khi có các nhóm âm ở giai đoạn tĩnh, cation bị thu hút và nó là một chất trao đổi cation. Sự thu hút giữa ion và pha tĩnh cũng phụ thuộc vào nhựa, các hạt hữu cơ được sử dụng như các bộ trao đổi ion.
Mỗi nhựa có tính chọn lọc tương đối khác nhau dựa trên các ion hòa tan hiện có, những người sẽ cạnh tranh để liên kết với nhóm nhựa trong giai đoạn tĩnh. Hệ số chọn lọc, tương đương với hằng số cân bằng, được xác định bởi một tỷ lệ nồng độ giữa nhựa và mỗi ion, tuy nhiên, xu hướng chung là các bộ trao đổi ion thích liên kết với ion với phí cao hơn, bán kính nhỏ hơn hydrat và Tính phân cực cao hơn, hoặc khả năng của đám mây điện tử của một ion bị gián đoạn bởi các chi phí khác . Mặc dù tính chọn lọc này, lượng ion quá mức có độ chọn lọc thấp hơn được đưa vào cột sẽ làm cho ion nhỏ hơn gắn kết với pha tĩnh vì hệ số chọn lọc cho phép dao động trong phản ứng liên kết xảy ra trong quá trình trao đổi ion.