Điện tử
Hai loại kính hiển vi điện tử chính là kính hiển vi điện tử truyền qua kính hiển vi điện tử quét (SEM). Cả hai đều có một loạt các thấu kính điện từ và tĩnh điện để tập trung một chùm năng lượng cao của các điện tử trên một mẫu. Trong một TEM các electron đi qua mẫu, tương tự như kính hiển vi quang học cơ bản. Điều này đòi hỏi phải chuẩn bị cẩn thận mẫu, vì điện tử được phân tán mạnh mẽ bởi hầu hết các vật liệu. SEM có cuộn dây raster để quét bề mặt của các vật thể bằng khối lượng lớn bằng chùm electron tốt.
Scanning probe
Bài chi tiết: Scanning probe microscopy
Các loại kính hiển vi quét dò khác nhau phát sinh từ nhiều loại tương tác xảy ra khi một máy dò nhỏ của một số loại được quét qua và tương tác với mẫu vật. Những tương tác hoặc chế độ này có thể được ghi lại hoặc ánh xạ như là chức năng của vị trí trên bề mặt để tạo thành một bản đồ đặc tính. Ba loại kính hiển vi quét phổ biến nhất là kính hiển vi lực nguyên tử (AFM), kính hiển vi quét trường gần trường (MSOM hoặc SNOM, quét kính hiển vi quang học gần trường) và kính hiển vi quét đường hầm (STM) . Một kính hiển vi lực nguyên tử có một đầu dò tốt, thường là silic hoặc silic nitride, gắn với một cantilever; đầu dò được quét qua bề mặt của mẫu, và các lực tạo ra sự tương tác giữa đầu dò và bề mặt của mẫu được đo và lập bản đồ. Một kính hiển vi quang học gần trường quét tương tự như AFM, nhưng đầu dò của nó bao gồm một nguồn ánh sáng trong một sợi quang được phủ một đầu mà thường có một khẩu độ để ánh sáng đi qua. Kính hiển vi có thể chụp được cả ánh sáng truyền hoặc ánh sáng phản xạ để đo tính chất quang học rất cục bộ của bề mặt, thông thường của mẫu vật sinh học. Việc quét kính hiển vi đường hầm có đầu kim loại với một nguyên tử đỉnh; đầu được gắn vào một ống thông qua đó một dòng chảy hiện tại. Đầu được quét qua bề mặt của một mẫu dẫn điện cho đến khi một dòng chảy tunneling chảy; dòng điện được giữ liên tục bởi sự di chuyển của đầu máy và một hình ảnh được hình thành bởi các chuyển động ghi của đầu.
Các loại khác
Việc quét kính hiển vi âm thanh sử dụng sóng âm để đo các trở kháng âm. Tương tự như Sonar trên nguyên tắc, chúng được sử dụng cho các công việc như phát hiện các khiếm khuyết trong các bề mặt vật liệu bao gồm cả các thành phần trong mạch tích hợp. Vào ngày 4 tháng 2 năm 2013, các kỹ sư Úc đã xây dựng một “kính hiển vi lượng tử” cung cấp độ chính xác tuyệt vời.