Sắc ký Ion đã tiến triển thông qua sự tích lũy kiến thức trong nhiều năm. Bắt đầu từ năm 1947, Spedding và Powell đã sử dụng sắc ký trao đổi ion trao đổi để tách các chất đất hiếm. Ngoài ra, chúng còn cho thấy sự phân tách ion giữa đồng vị 14N và 15N trong amoniac. Vào đầu những năm 1950, Kraus và Nelson đã chứng minh được việc sử dụng nhiều phương pháp phân tích cho các ion kim loại phụ thuộc vào sự phân tách chloride, fluoride, nitrate hoặc sulfate của chúng bằng sắc ký tử. Tự động phát hiện dòng đã được dần dần đưa ra từ 1960 đến 1980 cũng như các phương pháp sắc ký học mới cho việc tách ion ion.
Một phương pháp đột phá của Small, Stevens và Bauman tại Dow Chemical Co. đã mở ra việc tạo ra sắc ký ion hiện đại. Anion và cation bây giờ có thể được tách ra một cách hiệu quả bởi một hệ thống dò tìm độ dẫn. Năm 1979, Gjerde et al. Đã đưa ra một phương pháp sắc ký tử anion với sự phát hiện độ dẫn không bị ngăn chặn. Tiếp theo nó vào năm 1980, nó là một phương pháp tương tự cho sắc ký cation .
Kết quả là, một giai đoạn cạnh tranh gay gắt bắt đầu trong thị trường vi mạch, với những người ủng hộ cho cả việc phát hiện độ ồn và không bị đàn áp. Cuộc cạnh tranh này đã dẫn tới sự tăng trưởng nhanh chóng của các hình thức mới và sự tiến triển nhanh chóng của vi mạch. Một thách thức cần phải khắc phục trong sự phát triển của IC trong tương lai là việc chuẩn bị các cột trao đổi ion đơn khối hiệu quả cao và vượt qua thách thức này sẽ rất quan trọng đối với sự phát triển của IC.
Sự bùng nổ của sắc ký trao đổi ion chủ yếu bắt đầu từ năm 1935-1950 trong Thế chiến II và thông qua dự án Manhattan rằng các ứng dụng và IC đã được mở rộng đáng kể. Sắc ký Ion lần đầu tiên được giới thiệu bởi hai nhà nghiên cứu Anh, nông nghiệp Sir Thompson và nhà hóa học J T Way. Các tác phẩm của Thompson and Way liên quan đến hoạt động của muối phân bón hòa tan trong nước, amoni sulfat và kali clorua. Những muối này không thể dễ dàng bị chiết xuất từ mặt đất do mưa. Vào những năm năm mươi và sáu mươi rằng các mô hình lý thuyết được phát triển cho vi mạch để hiểu thêm Và đến tận những năm 70, các máy dò liên tục được sử dụng, mở đường cho sự phát triển từ sắc ký lỏng áp suất thấp tới hiệu năng cao. Cho đến năm 1975, “sắc ký ion” được thiết lập như là một tên dựa trên các kỹ thuật, và sau đó được sử dụng làm tên cho các mục đích tiếp thị. Ngày nay, IC rất quan trọng để điều tra các hệ thống nước, chẳng hạn như nước uống. Đây là một phương pháp phổ biến để phân tích các nguyên tố anion hoặc phức hợp giúp giải quyết các vấn đề liên quan đến môi trường. Tương tự, nó cũng có những ứng dụng tuyệt vời trong ngành công nghiệp bán dẫn.
Do có nhiều cột tách biệt, các hệ thống rửa, và các thiết bị dò, sắc ký đã phát triển thành phương pháp chính để phân tích ion .
Khi kỹ thuật này ban đầu được phát triển, nó được sử dụng chủ yếu để xử lý nước. Từ năm 1935, sắc ký trao đổi ion trao đổi nhanh thành một trong những kỹ thuật tận dụng nhiều nhất, với các nguyên tắc của nó thường được áp dụng cho hầu hết các lĩnh vực hóa học, bao gồm chưng cất, hấp phụ, và lọc.