Các ứng dụng
Giám sát và dọn sạch môi trường
GC-MS đang trở thành công cụ được lựa chọn để theo dõi chất gây ô nhiễm hữu cơ trong môi trường. Chi phí của thiết bị GC-MS đã giảm đáng kể, và độ tin cậy đã tăng cùng một lúc, đã góp phần gia tăng áp dụng trong các nghiên cứu môi trường.

Hình sự pháp lý hình sự
GC-MS có thể phân tích các hạt từ cơ thể con người để giúp liên kết với tội phạm đến một tội phạm. Việc phân tích các mảnh vụn bằng lửa sử dụng GC-MS đã được thiết lập tốt và thậm chí cả tiêu chuẩn của Hiệp hội về Thí nghiệm và Vật liệu Mỹ (ASTM) đã được thành lập để phân tích các mảnh vỡ vụn. GCMS / MS đặc biệt hữu ích ở đây các mẫu thường có ma trận rất phức tạp và kết quả, được sử dụng tại tòa án, cần phải được chính xác cao.
Thực thi pháp luật
GC-MS ngày càng được sử dụng để phát hiện chất ma túy trái phép, và cuối cùng có thể thay thế con chó nghiện ma túy. Nó cũng thường được sử dụng trong lĩnh vực chuyên môn pháp y để tìm thuốc và / hoặc chất độc trong mẫu vật sinh học của các nghi phạm, nạn nhân, hoặc người quá cố.
Thể thao chống doping phân tích
GC-MS là công cụ chính được sử dụng trong các phòng thí nghiệm chống doping thể thao để kiểm tra các mẫu nước tiểu của vận động viên cho các thuốc chống tăng cường hoạt động bị cấm, ví dụ như các steroid đồng hoá .
Bảo mật
Một phát triển sau ngày 11 tháng 9, các hệ thống phát hiện chất nổ đã trở thành một phần của tất cả các sân bay Hoa Kỳ. Các hệ thống này chạy trên một loạt các công nghệ, nhiều trong số đó dựa trên GC-MS. Chỉ có ba nhà sản xuất có xác nhận của FAA Để cung cấp Các hệ thống Đó là một trong những nhiệt Detection (trước đây là Thermedics), trong đó sản xuất các máy dò dòng EGIS, GC-MS dựa trên chất nổ. Hai nhà máy khác là Barringer Technologies, hiện thuộc sở hữu của Smith’s Detection Systems, và Ion Track Instruments, một bộ phận của Hệ thống an ninh cơ sở hạ tầng tổng quát.
Phát hiện tác nhân chiến tranh hóa học
(CIT-MS) và Bẫy Ion Toroidal (T-C) và C-MSA (C-MS) (CWA), đã được sửa đổi cho khả năng di chuyển trong thực tế và gần như thời gian thực phát hiện các tác nhân chiến tranh hóa học như sarin, soman, và VX. Các hệ thống GC-MS phức tạp và lớn đã được sửa đổi và cấu hình với khối lượng nhiệt resistively nóng thấp (LTM) sắc ký khí que giảm thời gian phân tích đến dưới mười phần trăm của các đội phòng thí nghiệm cần thiết trong hệ thống truyền thống. Thêm vào đó, hệ thống có kích thước nhỏ, và nhiều hơn nữa di động, bao gồm cả các đơn vị que được gắn trong các phòng thí nghiệm phân tích di động (MAL), chẳng hạn như Những bằng cách sử dụng các hóa chất Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ và sinh học Incident Response Force MAL và phòng thí nghiệm tương tự khác, và các hệ thống que là Tay mang bởi hai đội hoặc cá nhân, nhiều đến các máy dò khối lượng nhỏ hơn. Tùy thuộc vào hệ thống, các chất phân tích có thể được đưa ra thông qua tiêm chất lỏng, được làm sạch từ ống sorbent thông qua quá trình hấp thụ nhiệt, hoặc với sự tách chiết trong pha rắn (SPME).
Kỹ thuật hóa học
GC-MS được sử dụng để phân tích hỗn hợp hợp chất hữu cơ chưa biết. Một sử dụng công nghệ này là sử dụng GC-MS để xác định thành phần của dầu sinh học được chế biến từ sinh khối thô
Phân tích thực phẩm, đồ uống và nước hoa
Thực phẩm và đồ uống chứa nhiều hợp chất thơm, một số có trong nguyên liệu tự nhiên và một số hình thành trong quá trình chế biến. GC-MS được sử dụng rộng rãi để phân tích các hợp chất này bao gồm este, axit béo, rượu, aldehyde, terpenes vv Nó cũng được sử dụng để phát hiện và đo lường các chất gây ô nhiễm từ sự hư hỏng hoặc ngứa có thể có hại và thường được kiểm soát bởi các cơ quan chính phủ, ví dụ thuốc trừ sâu.
Astrochemistry
Một số GC-MS đã rời trái đất. Hai chiếc được đưa tới sao Hỏa bởi chương trình Viking. Venera 11 và 12 và Pioneer Venus phân tích khí quyển của sao Kim với GC-MS . Chuyến thăm dò Huygens của sứ mệnh Cassini-Huygens đã hạ cánh một chiếc GC-MS trên mặt trăng lớn nhất của sao Thổ, Titan. Vật liệu trong sao chổi 67P / Churyumov-Gerasimenko sẽ được phân tích bởi sứ mệnh Rosetta với chiral GC-MS vào năm 2014.
Y học
Hàng chục bệnh trao đổi chất bẩm sinh còn được gọi là lỗi lầm bẩm sinh của sự trao đổi chất hiện nay có thể phát hiện được bằng các xét nghiệm sàng lọc sơ sinh, đặc biệt là xét nghiệm sử dụng sắc ký khí khối phổ. GC-MS có thể xác định các hợp chất trong nước tiểu ngay cả ở nồng độ nhỏ. Những hợp chất này thường có ở những cá nhân bị rối loạn chuyển hóa. Điều này ngày càng trở thành một cách phổ biến để chẩn đoán IEM cho chẩn đoán sớm và tổ chức điều trị cuối cùng dẫn đến kết quả tốt hơn. Hiện nay có thể thử nghiệm cho trẻ sơ sinh về hơn 100 rối loạn chuyển hóa di truyền bằng xét nghiệm nước tiểu khi sinh dựa trên GC-MS.
Kết hợp với ghi nhãn đồng vị của các hợp chất trao đổi chất, GC-MS được sử dụng để xác định hoạt động trao đổi chất. Hầu hết các ứng dụng được dựa trên việc sử dụng 13C như ghi nhãn và đo tỷ lệ 13C-12C với một đồng vị quang phổ khối lượng tỷ lệ đồng vị (IRMS); Một MS với một máy dò được thiết kế để đo một vài lựa chọn và trả về các giá trị theo tỷ lệ.