Các ứng dụng
Bể lên men với nấm men được dùng để pha bia
Trong khi một số vi khuẩn lo sợ do sự kết hợp của một số vi khuẩn với các bệnh khác nhau của con người, nhiều vi khuẩn cũng chịu trách nhiệm cho nhiều quá trình có ích như lên men công nghiệp (sản xuất rượu, giấm và các sản phẩm từ sữa), sản xuất kháng sinh và làm phương tiện nhân bản các sinh vật phức tạp hơn như thực vật. Các nhà khoa học cũng đã khai thác kiến thức về các vi khuẩn để sản xuất các enzyme quan trọng về công nghệ sinh học như Taq polymerase, các gen phóng viên để sử dụng trong các hệ thống di truyền khác và các kỹ thuật sinh học phân tử mới như hệ thống hai hệ thống nấm men.
Vi khuẩn có thể được sử dụng cho sản xuất công nghiệp của các axit amin. Corynebacterium glutamicum là một trong những loài vi khuẩn quan trọng nhất với sản lượng hàng năm hơn hai triệu tấn axit amin, chủ yếu là L-glutamate và L-lysine. Vì một số vi khuẩn có khả năng tổng hợp kháng sinh nên chúng được sử dụng cho mục đích y học, chẳng hạn như Streptomyces để tạo kháng sinh aminoglycosid
Một loại nhựa sinh học khác, chẳng hạn như polysaccharides, polyesters, và polyamides, được tạo ra bởi các vi sinh vật. Các vi sinh vật được sử dụng để sản xuất biopolyme công nghệ sinh học với các đặc tính phù hợp cho ứng dụng y tế có giá trị cao như kỹ thuật mô và phân phối thuốc. Các vi sinh vật được sử dụng để tổng hợp các xanthan, alginate, cellulose, cyanophycin, poly (gamma-glutamic acid), levan, axit hyaluronic, axit hữu cơ, oligosaccharides và polysaccharide, và polyhydroxyalkanoat.
Các vi sinh vật có lợi cho vi khuẩn phân hủy sinh học hoặc xử lý sinh học các chất thải trong nước, nông nghiệp và công nghiệp và ô nhiễm dưới đất trong đất, trầm tích và môi trường biển. Khả năng của mỗi vi sinh vật để làm giảm chất thải độc hại tùy thuộc vào tính chất của mỗi chất gây ô nhiễm. Vì các địa điểm thường có nhiều loại chất gây ô nhiễm nên phương pháp tiếp cận hiệu quả nhất để phân huỷ sinh học vi sinh là sử dụng hỗn hợp các chủng vi khuẩn và nấm và các chủng, mỗi loại đặc trưng cho sự phân hủy sinh học của một hoặc nhiều loại chất gây ô nhiễm
Các cộng đồng vi sinh vật có tính biểu sinh đem lại lợi ích cho sức khoẻ của con người và động vật, bao gồm việc tiêu hóa các chất dinh dưỡng, bổ sung vitamin và axit amin và ngăn chặn các vi khuẩn gây bệnh. Một số lợi ích có thể đạt được bằng cách ăn thực phẩm lên men, probiotic (vi khuẩn có tiềm năng có lợi cho hệ tiêu hóa) hoặc các chất prebiotic (các chất tiêu thụ để thúc đẩy sự phát triển của các vi sinh vật probiotic). Các phương pháp vi sinh vật ảnh hưởng đến sức khoẻ con người và động vật, cũng như các phương pháp ảnh hưởng đến vi sinh vật là những lĩnh vực hoạt động của nghiên cứu
Nghiên cứu đã gợi ý rằng vi sinh vật có thể hữu ích trong điều trị ung thư. Các chủng khác nhau của clostridium không gây bệnh có thể xâm nhập và nhân rộng trong khối u rắn. Các vec tơ Clostridial có thể được sử dụng an toàn và khả năng cung cấp các protein điều trị đã được chứng minh bằng một loạt các mô hình tiền lâm sàng